Sakura Kinomoto é uma garota de 10 anos que por acidente abre um livro misterioso, chamado Livro Clow. Do livro saem 52 cartas mágicas levadas por um misterioso vento. Kerberus, o guardião das cartas, (uma criatura muito parecida com um animal de pelúcia bem pequeno) aparece e conta à Sakura que as cartas foram espalhadas por toda Tomoeda e é seu dever capturá-las de novo, tornando-a uma card captor (capturadora de cartas em inglês).
As cartas provocam fenômenos estranhos ao redor de Sakura, que emprega os poderes das cartas já capturadas em seu báculo mágico para dominá-las e juntá-las à sua coleção. Ela conta com a ajuda de sua amiga Tomoyo, e mais tarde de outros personagens como Syaoran Li, um card captor rival que passa a ser seu amigo, pouco a pouco; e Meiling Li, prima de Syaoran.
Na história também se fazem presentes vários romances e relacionamentos amorosos, intercalados com as cenas de ação.
Na segunda metade da história surgem novos personagens, como Eriol Hiiragizawa, e Sakura passa a transformar as cartas Clow em suas próprias cartas: as cartas Sakura (Sakura Cards).

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